Odaberite jezik: Hrvatski English

Radni paket 1

Utvrđivanje funkcija gena mišjeg citomegalovirusa

virusi razni-02Unatoč tome što je trenutno poznata funkcija mnogih gena mišjeg citomegalovirusa (MCMV), još uvijek preostaje velik broj neotkrivenih i neokarakteriziranih gena ovog virusa. Primjerice, u nedavnim studijama tehnologijom “ribosomal footprinting” pokazano je da se proteom humanog citomegalovirusa (HCMV), koji pokazuje visoki stupanj srodnosti sa MCMV-om, sastoji od preko 750 različitih viralnih proteina za koje kodira genom veličine 230 kb (Stern-Ginossar i sur., Science, 2012), dok su ranija istražživanja prediviđala brojku od približno 200 protein-kodirajućih gena. Osim za veliki broj proteina, genom HCMV-a kodira i za značajnu količinu tzv. nekodirajuće RNA (ncRNA) (Gatherer i sur., PNAS 2011). Ovi podaci služe kao zorna ilustracija našeg fundamentalnog nepoznavanja kodirajućeg potencijala citomegalovirusnog genoma, što nesumnjivo predstavlja veliku prepreku razvoju kako efikasnih protuvirusnih lijekova, tako i učinkovitih i sigurnijih cjepiva.

U nastojanju da premostimo ove prepreke i započnemo sistematsku karakterizaciju gena citomeglovirusa i njihovih funkcija, u prethodnim smo istraživanjima proveli iscrpnu analizu transkriptoma MCMV-a tijekom litičke infekcije mišjih embrionalnih fibroblasta u kulturi. Navedena je analiza obuhvaćala dva pristupa: 1 – konstrukciju cDNA knjižnice virusnih gena i naknadno sekvencioniranje; te 2- sekvenciranje poliadeniliranih virusnih molekula RNA tzv. tehnologijom dubinskog sekvenciranja nove generacije (NGS, RNASeq, Juranić Lisnić i sur., PLoS Pathogens, 2013). Dobiveni rezultati ukazali su na postojanje brojnih novih prekrojenih i neprekrojenih transkripata citomegalovirusa i pokazali da, suprotno očekivanjima, najsnažnije eksprimiranijim virusnim genima trenutno nije poznata funkcija.

Istraživanja predložena u ovom radnom paketu za cilj imaju sistematsku karakterizacija i razotkrivanje funkcije novootkrivenih transkripata MCMV-a, počevši s onima koji su najsnažnije eksprimirani. Dva istaknuta primjera takvih transkripata koji će među prvima biti analizirani su transkripti koji potiču iz regija m168-m169 i M116 citomegalovirusnog genoma.